動盪的幕府末期,各方爭鳴的渾沌年代,千人斬拔刀齋(佐藤健 飾)以其萬夫莫敵的飛天御劍流活躍於暗殺界;但隨著新時代的來臨,拔刀齋立下不殺之誓,從此隱姓埋名浪跡天涯......
明治11年,一名自稱拔刀齋的男子隨意斬殺路人,人心惶惶。繼承了神谷活心流道場的女孩神谷薫(武井咲 飾)魯莽的挑戰對方,危急之下被自稱「緋村劍心」的神祕男子所救。小薫留下劍心在道場修練,卻意外發現眼前的落魄浪人,竟是貨真價實的「千人斬拔刀齋」?!而假冒拔刀齋之名作惡的,則是受雇於黑心實業家武田觀柳(香川照之 飾)的瘋狂殺手刃衛(吉川晃司 飾)。
狂傲的武田妄想征服世界,不僅挾持女醫師高荷惠(蒼井優 飾)製作新型鴉片牟利,還計畫對居民下毒,迫害神谷道場。這些邪惡勾當雖然被警官齋藤一(江口洋介 飾)盯上,但武田依然為所欲為,擁有了歸處與夥伴的劍心,看著眼前的幸福遭受莫大威脅,毅然決然前往重兵把守的武田巢穴,一場激戰即將引爆......